A Igreja da Misericórdia situa-se em pleno centro histórico de Penafiel, em frente á Câmara Municipal, sendo que todo o complexo da igreja ocupa um quarteirão. É um templo Seiscentista de uma só nave, com uma grande capela-mor coberta por abóbada de berço com caixotões. A sua construção constituiu um marco importante na História da Santa casa e de Penafiel.
A aprovação régia de 1614, com a atribuição de privilégios e o incremento dos legados fariam da instituição um potentado local em termos económicos, sociais e religiosos, levaram à construção de um Templo condigno de maiores dimensões que se adequasse ao crescimento da irmandade.
O Irmão da Santa Casa e provedor em 1627/1628, Abade Amaro Moreira, acordou com a Misericórdia a construção do templo no rocio de chãs (onde está igreja) à qual pagaria a capela-mor, onde ficará sepultado com os seus herdeiros.
A construção da igreja demorou 10 anos (1621-1631), a sua dimensão e irmandade a que estava ligada fizeram desde logo do templo um dos mais importantes da cidade e da região, dando uma nova centralidade à Vila de Arrifana de Sousa, visto que a zona envolvente à igreja Matriz era a de maior importância do burgo.
Ao longo dos anos a Igreja sofreu várias alterações, quer na fachada frontal, quer na lateral, daí se justificam os inúmeros nichos, oratórios e capelinhas que a igreja apresenta no exterior.
No lado nascente, temo a antiga casa do despacho, o museu do sacristão (actual museu arte sacra) e ainda a loja da nossa terra onde já funcionou o centro de convívio.
A poente, virada para a Praça Municipal, uma rica frontaria inacabada, em estilo roccaille, com linhas curvas e ornatos inacabados, com nichos por preencher, em cantaria, onde se destaca a composição frontal formada pela porta, nicho e óculo, franqueada pelos cunhais onde se abrem nichos. As obras foram iniciadas em 1764 mas depois de vários conflitos entre a Misericórdia e os Poderes locais aos quais a Misericórdia venceu, as obras acabaram por não prosseguir, tendo sido terminadas em 1769.
As obras foram pagas com as esmolas a Nossa Senhora da Lapa.
A solução encontrada foi a construção de uma capela em honra de Nossa Senhora sobre o desígnio da Senhora da Lapa. Atualmente é a Capela de S.Cristóvão.
Em 1770 Penafiel foi elevada a cidade e tornou-se Diocese, sendo a Igreja da Misericórdia escolhida para sé catedral sob invocação de São José e Santa Maria, tendo sido o Bispo Frei Inácio de São Caetano, por ser confessor da Rainha D.Maria I , nunca visitou a sua Sé.
Em 1778 Penafiel deixou de ser Diocese e a Igreja perdeu o estatuto de Sé Catedral.
No Interior da Igreja destaque do Órgão de Tubos e do Cadeiral Barroco provenientes do Mosteiro de Bustelo, 5 altares neoclássicos de retábulos de talha branca e dourada.
